Akhundzade dilahirkan pada tahun 1812 di Nukha (kini Shaki, Azerbaijan) kepada keluarga kaya pemilik tanah Azeri Iran dari Azarbaijan.[9][10] Ibu bapanya, dan terutamanya bapa saudaranya Haji Alaskar, yang merupakan guru pertama Fatali, menyediakan Fatali muda untuk kerjaya dalam pendeta Syiah, tetapi lelaki muda itu tertarik dengan kesusasteraan. Pada tahun 1832, semasa di Ganja, Akhundzade bertemu dengan penyair Mirza Shafi Vazeh, yang memperkenalkannya kepada pemikiran sekular Barat dan tidak menggalakkannya daripada meneruskan kerjaya keagamaan.[11] Kemudian pada tahun 1834, Akhundzade berpindah ke Tiflis (kini Tbilisi, Georgia), dan menghabiskan sisa hidupnya bekerja sebagai penterjemah bahasa Oriental dalam perkhidmatan Viceroyalty Empayar Rusia. Pada masa yang sama, dari tahun 1837 dan seterusnya beliau bekerja sebagai guru di sekolah Tbilisi uezd Armenia, kemudian di sekolah Nersiyan. Di Tiflis perkenalan dan persahabatannya dengan Desembris Rusia yang dibuang negeri Alexander Bestuzhev-Marlinsky, Vladimir Odoyevsky, penyair Yakov Polonsky, penulis Armenia Khachatur Abovian, Gabriel Sundukyan dan lain-lain memainkan peranan dalam pembentukan pandangan Eropah Akhundzade.

Karya pertama Akhundzade yang diterbitkan ialah The Oriental Poem (1837), ditulis untuk meratapi kematian penyair besar Rusia Alexander Pushkin. Tetapi kebangkitan aktiviti sastera Akhundzade datang pada akhir 1850-an. Pada awal 1850-an, Akhundzade menulis enam komedi (Hekayati Molla Ibrahim-Khalil Kimyagar, Kisah Monsieur Jourdan, ahli botani dan darwis Mastalishah, ahli sihir terkenal, Pengembaraan Wazir Khanate Lankaran, dll.) - komedi pertama dalam kesusasteraan Azerbaijan serta sampel pertama dramaturgi kebangsaan. Komedi oleh Akhundzade adalah unik dalam kesedihan kritikal mereka, analisis realiti di Azerbaijan pada separuh pertama abad ke-19. Komedi ini mendapat banyak respons dalam akhbar berkala asing Rusia yang lain. Orang Jerman, Majalah Kesusasteraan Asing menggelar Akhundzade "jenius dramatik", "Molière Azerbaijan." Pena tajam Akhundzade ditujukan kepada semua yang dia percaya menghalang kemaraan Empayar Rusia, yang bagi Akhundzade adalah kuasa pemodenan, walaupun kekejaman yang dilakukannya dalam kemaraan selatannya terhadap saudara Akhundzade sendiri.[12] Menurut Walter Kolarz:

Penyair Azerbaidzhani terhebat pada abad kesembilan belas, "Mirza Fathali Akhundov" (1812–78), yang dipanggil "Molière of the Orient", sangat setia kepada perjuangan Rusia sehingga dia menggesa rakan senegaranya untuk memerangi Turki semasa Perang Crimea.[13]

Pada tahun 1859 Akhundzade menerbitkan novel pendek tetapi terkenalnya The Deceived Stars. Dalam novel ini dia meletakkan asas prosa sejarah realistik Azerbaijan, memberikan model genre baru dalam kesusasteraan Azerbaijan. Melalui komedi dan dramanya, Akhundzade mewujudkan realisme sebagai aliran utama dalam kesusasteraan Azerbaijan.

Menurut Ronald Grigor Suny:

Nasionalisme Turki, yang berkembang sebahagiannya sebagai reaksi terhadap nasionalisme minoriti Kristian [Empayar Uthmaniyyah], seperti nasionalisme Armenia, banyak dipengaruhi oleh pemikir yang tinggal dan berpendidikan di Empayar Rusia. Tatar Crimea Ismail Bey Gasprinski dan penulis Azerbaijan Mirza Fath Ali Akhundzade mengilhamkan intelektual Turki pada akhir abad kesembilan belas dan awal abad kedua puluh.[14]

Menurut Tadeusz Swietochowski:

Dalam pengagungannya terhadap keagungan pra-Islam Iran, sebelum ia dimusnahkan di tangan "Arab yang lapar, telanjang dan biadab", "Akhundzade adalah salah satu pelopor nasionalisme Iran moden, dan manifestasi militannya pada masa itu juga. adakah dia tidak mempunyai sentimen anti-Uthmaniyyah, dan dalam semangat konfrontasi Iran Uthmaniyyah yang lama, dia menceburi penulisannya mengenai kemenangan Shah Abbas I ke atas Turki di Baghdad. Akhundzade dikira sebagai salah seorang pengasas moden Kesusasteraan Iran, dan pengaruh formatifnya dapat dilihat dalam penulis utama bahasa Parsi seperti Malkum Khan, Mirza Agha Khan dan Mirza Abdul-Rahim Talibov Tabrizi. Kesemua mereka adalah penyokong reformasi di Iran. Jika Akhundzade tidak ragu-ragu bahawa tanah air rohaninya adalah Iran, Azerbaijan adalah tanah dia dibesarkan dan bahasanya adalah bahasa ibundanya. Puisi liriknya ditulis dalam bahasa Parsi, tetapi karyanya membawa mesej kepentingan sosial seperti yang ditulis dalam bahasa penduduk tanah airnya, Azari. Tanpa tanda-tanda perpecahan personaliti, dia menggabungkan identiti Iran yang lebih besar dengan Azerbaijan—dia menggunakan istilah vatan (tanah air) merujuk kepada kedua-duanya."[6]

Reza Zia-Ebrahimi juga menganggap Akhundzade sebagai bapa pengasas apa yang beliau panggil 'nasionalisme dislokatif' di Iran. Menurut Zia-Ebrahimi, Akhundzade mendapat inspirasi dalam templat Orientalis untuk membina visi Iran kuno, yang menawarkan para intelektual yang tidak berpuas hati dengan reformasi modenis di Iran, naratif yang mementingkan diri sendiri di mana semua kekurangan Iran dipersalahkan pada monolitik dan lain-lain. 'lain': orang Arab. Bagi Zia-Ebrahimi, Akhundzade mesti dipuji dengan pengenalan idea-idea etno-kaum, terutamanya pertentangan antara Aryan Iran dan Semit Arab, ke dalam perdebatan intelektual Iran. Zia-Ebrahimi mempertikaikan bahawa Akhundzade mempunyai pengaruh ke atas intelektual moden seperti Malkum Khan (di luar projek biasa untuk memperbaharui Abjad yang digunakan untuk menulis Parsi) atau Talibov Tabrizi. Pewaris sebenar beliau ialah Kermani, dan warisan kedua-dua intelektual ini boleh didapati dalam nasionalisme etnik negara Pahlavi, dan bukannya nasionalisme sivik pergerakan Perlembagaan.[15]

Walaupun Akundzadeh dikatakan sebagai seorang ateis, dia sangat bersimpati dengan agama Zoroaster dan berada dalam surat-menyurat dengan Manekji Limji Hataria.[16][17]

Pada masa itu, dinasti Qajar berada dalam krisis besar akibat kegagalan mereka terhadap empayar Rusia dan British, dan rasuah dan salah urus mereka.[16] Ini melahirkan gerakan Perlembagaan. Menurut para intelektual ini Iran memerlukan perubahan politik kepada model pemerintahan parlimen berperlembagaan. Tetapi bagi sesetengah intelektual seperti Akhundzadeh ini tidak mencukupi.[16]

Beliau berhujah bahawa orang Arab dan Islam bertanggungjawab terhadap kemerosotan tamadun Iran dan berpendapat bahawa rakyat Iran harus melihat kembali kegemilangan tamadun pra-Islam mereka. Dalam Maktubàt-e Kamàl od-Dowleh beh Shàhzadeh Jamàl od-Dowleh (Surat dari Kamal od-Dowleh kepada Putera Jalal od-Dowleh, 1860, selepas ini Maktubàt) visinya tentang masa lampau pra-islam yang mulia digambarkan. Sama seperti Jalal ed-Din Mirza Qajar, dengan siapa dia berkomunikasi, dia berhujah bahawa perkataan pinjaman Arab, abjad dan Islam harus dibuang. Jika ini tercapai, maka menurutnya Iran boleh kembali ke negara gemilangnya. Beliau adalah orang pertama yang menyusun idea-idea ini menjadi ideologi nasionalis yang koheren, yang menjadikannya bapa nasionalisme Iran. Akhundzadeh juga seorang ateis, tetapi dia membuat pengecualian untuk Zoroastrianisme, yang dilihatnya sebagai agama yang hebat dan agama Iran yang sebenar. Dia berharap bahawa suatu hari nanti ia akan menggantikan Islam sekali lagi dan cuba mempromosikannya dengan Maktubàtnya.[16]

"Sultan-Sultan Islam" akan "lebih baik kepada kerabat kamu daripada saudara dan bapa mereka sendiri". Mereka "akan mengecewakan fakta bahawa mereka tidak mengenali anda sehingga hari ini dan bahawa sepanjang sejarah Islam mereka telah menyokong dan mengagumi orang Arab, yang merupakan musuh mereka ... yang memusnahkan negara mereka", dan bukannya Zoroaster yang merupakan "saudara mereka, yang bercakap bahasa yang sama [sic], rakan senegara mereka, ingatan hidup nenek moyang mereka yang mulia, dan malaikat penjaga mereka".[16]

Akhundzadeh berada di bawah pengaruh karisma kuno Manekji, sejenis kemagnetan yang berpunca daripada pengetahuan istimewa tentang masa lalu yang gemilang yang dianggap dimilikinya. Akhundzadeh meletakkannya di atas alas kerana dia melihatnya sebagai utusan Zaman Keemasan ini yang dia dan Jalal ed-Din Mirza rindukan, seolah-olah Manekji baru sahaja keluar dari mesin masa. Dalam surat lain, kekaguman Manekji ini menjadi lebih jelas: "keinginan saya ialah ... orang Iran tahu bahawa kita adalah anak-anak Parsis, bahawa rumah kita adalah Iran, bahawa semangat, kehormatan, idealisme dan aspirasi surgawi kita menuntut kita memihak kepada saudara kita, daripada penyamun yang dahagakan darah asing" (Akhundzadeh kepada Manekji, 29 Julai 1871, dalam Mohammadzadeh dan Arasli 1963:249, penekanan ditambah). Ia sangat mendedahkan bahawa Akhundzadeh memanggil orang Iran sebagai "anak-anak" Parsis. Dia memberikan Parsis keturunan yang hanya boleh dijelaskan oleh fakta bahawa dia menganggap mereka sebagai sejenis orang Iran tulen yang tidak dicemari oleh orang Arab dan Islam, yang harus "diikuti" oleh kaum Muslim yang hina kontemporari. Dia kemudian menambah bahawa "penampilan saya adalah seperti orang Turki, tetapi saya adalah bangsa Parsis".[16]

Pada tahun 1920-an, Teater Opera dan Balet Akademik Negeri Azerbaijan dinamakan sempena Akhundzade.